提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
钱勇:美丽中国建设将更加突出系统观念的实践深化和科学运用******
中新网埃及沙姆沙伊赫11月13日电 “从现在起,在生态文明建设上,我们就是要推进美丽中国建设,把促进人与自然和谐共生作为谋划发展硬约束,更加突出系统观念的实践深化和科学运用。”
当地时间12日,《联合国气候变化框架公约》第二十七次缔约方大会(COP27)生态文明与美丽中国实践边会在埃及沙姆沙伊赫举行,习近平生态文明思想研究中心主任、生态环境部环境与经济政策研究中心主任钱勇视频致辞时如是指出。
当地时间11月12日,习近平生态文明思想研究中心主任、生态环境部环境与经济政策研究中心主任钱勇向COP27生态文明与美丽中国实践边会作视频致辞。中新网记者 陈天浩 摄COP27生态文明与美丽中国实践边会由习近平生态文明思想研究中心/生态环境部环境与经济政策研究中心、中国新闻社联合主办,中国新闻网承办。
钱勇表示,中共二十大全面总结了中国生态文明建设和生态环境保护。回顾过去十年,中国深入贯彻习近平生态文明思想,在成功续写经济快速发展和社会长期稳定两大奇迹新篇章的同时,创造了举世瞩目的生态奇迹和绿色发展奇迹。
他说,城市空气质量改善速度最快,大江大河水质状况接近发达国家水平,美丽中国建设迈出重大步伐。“蔚蓝的天、绿色的山、清澈的水,城镇居民推窗见绿,出门见景,充分享受大自然的美丽和馈赠。”
展望未来,中共二十大对以中国式现代化全面推进中华民族伟大复兴作出战略安排和全面部署,进一步明确中国式现代化是人与自然和谐共生的现代化。高质量发展是全面建设社会主义现代化国家的首要任务,推动经济社会发展绿色化、低碳化是实现高质量发展的关键环节。
钱勇指出,中共二十大首次把积极稳妥推进碳达峰碳中和纳入生态文明建设整体布局和经济社会发展全局,重申了碳达峰碳中和的目标任务和战略举措,推动生态环境保护和生态文明建设同建设富强、民主、文明、和谐、美丽的社会主义现代化强国在目标逻辑、理论逻辑和行动逻辑上更加紧密、更加内生、更加融合。
“从现在起,在生态文明建设上,我们就是要推进美丽中国建设,把促进人与自然和谐共生作为谋划发展硬约束,更加突出了系统观念的实践深化和科学运用。坚持绿水青山就是金山银山,坚持山、水、林、田、湖、草、沙一体化保护和系统治理,统筹产业结构调整、污染治理、生态保护应对气候变化,加快推动经济社会发展全面绿色转型,在确保发展安全和能源安全的前提下,推进生态优先、节约集约、绿色低碳发展。”他说。
钱勇还表示,总而言之,中国将一如既往积极参与应对气候变化全球治理,坚持绿色低碳发展,同国际社会一道努力推动建设一个清洁、美丽的世界。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)